Франц Якович Лефорт народився в 1656 році в Женеві в сім'ї торговця Жака Лефорта (1618--1674). До 14 років він навчався в женевському колегіумі (тобто середній школі, в якій викладалися деякі предмети вищого навчального закладу), а потім був відправлений до Марселя для навчання торгівлі. Однак це заняття було не до душі молодій людині. Високий, гарний, наділений незвичайною фізичною силою, юнак мріяв про військову службу і знайомстві з великими світу цього. Притаманні йому розум, весела вдача, сміливість і підприємливість сприяли здійсненню його честолюбних планів.
1674 року Лефорт всупереч волі родини поїхав до Голландії і почав свою військову кар'єру в свиті Курляндського герцога Фрідріха-Казимира. Однак незабаром за порадою голландського полковника ван Фроста молодий честолюбець вирішив спробувати щастя на військовій службі в далекій Московії. Прибувши в російську столицю в чині капітана, він оселився в Москві, в Німецькій слободі. Надалі його доля склалася так, що він міцно осів в Росії, вивчив російську мову, одружився на дочці підполковника Суге Єлизаветі.
За відсутності великих військових операцій Лефорт служив деякий час на посаді секретаря данського резидента (дипломата). Але з кінця 1678 року він був призначений командиром роти у складі київського гарнізону. У Києві він служив два з половиною роки, брав участь у військових походах і сутичках з кримськими татарами, не раз наражаючись на небезпеку. Отримавши в 1681 році відпустку і приїхавши до Женеви, молодий військовий показав себе відмінним наїзником і чудовим стрільцем з лука. Родичі вмовляли його залишитися в Європі, але він рішуче відмовився, заявивши, що не може порушити слово, дане їм російському государеві.
До осені 1689 Петро зблизився зі своїми новими знайомими - Гордоном і Лефортом. Це зустріло протидію з боку патріарха Іоакима, охоронця старих московських звичаїв, рішуче заперечує проти такої дружби з іноземцями - «безбожними єретиками». Після смерті патріарха в 1690 році Петро почав відкрито відвідувати Німецьку слободу, де бував в гостях спочатку у Гордона, а потім все частіше у Лефорта. Настільки небувале на ті часи поведінку московського государя вражало всіх прихильників старих звичаїв. Але молодого государя нездоланно тягло до всього європейського.
Думка про організацію «Великого посольства», можливо, була підказана царю саме Лефортом. Формально він очолював його, але фактично все керівництво перебувало в руках досвідченого дипломата Ф. А. Головіна. Роль Лефорта була чисто представницької і зводилася головним чином до перекладу промов царя. Однак пишністю свити і обстановки він перевершував інших послів. Його брат Яків Лефорт писав з Амстердама: «Все подається на сріблі ... обідає у генерала щодня від дев'яти до дванадцяти чоловік. У нього три французьких кухарі ». Під час поїздки царя в Англію Лефорт часто, іноді по кілька разів на день, писав Петру. Його листи, написані по-російськи, але латинськими буквами, не зачіпали серйозних тем. Царський улюбленець нарікав на розлуку з государем, скаржився на погане вино, висловлював занепокоєння з приводу відсутності звісток з Англії. Наприклад: «Пан коммандёр! Пекло ти НЕ Бевало листі ис Англескі земля. Пужалест, пиши нам про своя здорова і як ви веселитися; а я радусь буду, якщо вам доброї ».
Вірному соратнику государя були влаштовані пишні похорони. Є свідчення, що Петро хотів поставити йому пам'ятник в Олександро-Невському монастирі в Петербурзі (як і іншим своїм наближеним). Але цей намір не було здійснено, а згодом і сама могила Лефорта загубилася. У XIX столітті останки Лефорта були перепоховані на Введенському кладовищі в Москві.
У Женеві є вулиця, названа на честь Франца Лефорта. У Москві - цілий район Лефортово, навколо Лефортовський палацу.