Рахунок-фактура - це підтвердження оплати, але ніяк не рахунок на оплату. Не плутайте ці дві речі. У рахунку-фактурі вказувати потрібно платіжне доручення, якщо це авансова рахунок-фактура. І потрібна вона, щоб підтверджувати відрахування по ПДВ. Уявіть, якщо ви хочете купити тонну цегли. А продавець боїться, що ви його обдурите. ви робите передоплату, але тепер вас продавець може кинути. І щоб підтвердити, вам продавець повинен дати розписку. Але зараз це нерозумно, ось і отримаєте рахунок-фактуру з печаткою фірми.
Якщо продавець отримує аванси або інші платежі в рахунок майбутніх поставок товарів (виконання робіт, надання послуг), то в рядку 5 рахунку-фактури він вказує номер платіжно-розрахункового документа, на підставі якого надійшла оплата. Це випливає з пп. 4 п. 5 ст. 169 НК РФ.
Нагадаємо, що під час проведення операції, по якій надходить передоплата, потрібно оформляти рахунок-фактуру двічі: при отриманні авансу і при відвантаженні товару (робіт, послуг), передачі майнових прав (п. 3 ст. 168 НК РФ). Номер платіжно-розрахункового документа вказується як при оформленні "авансового" рахунки-фактури, так і "відвантажувального" (пп. 4 п. 5, пп. 3 п. 5.1 ст. 169 НК РФ).
Номер платіжно-розрахункового документа не вказується, якщо ви отримали оплату за товари (роботи, послуги):
Дані роз'яснення Мінфіну Росії відносяться до періоду дії колишніх правил оформлення рахунків-фактур, затверджених Постановою N 914, однак справедливі і зараз;