Розклад догляду за акваріумних фільтром залежить від типу фільтрації - механічного, хімічного або біологічного, а також типу і моделі фільтра і використовуються в ньому фільтруючих матеріалів. Керуйтеся в цьому питанні інструкціями виробників фільтрів. Деякі фільтруючі матеріали - такі, як губка або пучок синтетичних ниток - можна тільки промивати, хоча врешті-решт їх все-таки доведеться замінити. Деякі фільтруючі речовини (наприклад, цеоліт) можна відновити, а деякі, найчастіше хімічні фільтруючі речовини (наприклад, торф або вугілля), потребують регулярної заміни.
• Матеріали для механічної фільтрації, які використовуються тільки для уловлювання твердих частинок і не мають біологічної дії, необхідно регулярно чистити. Може бути, доведеться робити це досить часто, наприклад, щодня, щоб тверді частинки не почали розкладатися на токсичні речовини.
• Матеріали для хімічної фільтрації можуть вимагати поновлення. Матеріали, що вимагають дуже рідкісного поновлення (наприклад, вапняковий щебінь), іноді потрібно промивати, щоб видалити накопичився в них мул. Це слід робити в тому випадку, якщо протягом води в фільтрі сповільнилося через його засмічення.
• Матеріали для біологічної фільтрації краще не чіпати якомога довше. У біологічному фільтрі за один прийом слід чистити або замінювати тільки частина фільтруючого матеріалу. Зазвичай максимальна кількість - це одна третина всього фільтруючого речовини. Якщо фільтр прочистити повністю або замінити в ньому весь фільтруючий матеріал, акваріум залишиться на багато днів, а можливо, і тижнів без ефективної біологічної фільтрації. Так буде тривати до тих пір, поки бактерії не відновлять чисельність своєї популяції в очищеної середовищі або не заселені нову. В результаті в акваріумі можуть виникнути високі концентрації аміаку і нітритів і значно підвищиться ймовірність загибелі риб. Очищення фільтруючих матеріалів повинна полягати тільки в обережному їх промиванні в відрі з акваріумний водою. Хлор, присутній у водопровідній воді, вбиває бактерій. Занадто гаряча вода також губить корисних бактерій, що населяють фільтруюче середовище.
• Багатосекційні фільтри мають кілька секцій для розміщення різних фільтруючих матеріалів і одночасно здійснюють механічну, хімічну та біологічну очистку води. При цьому кожен з фільтруючих матеріалів вимагає турботи про себе в різний час. Наприклад, такий фільтр може мати шар губки, що затримує тверді частинки (механічний фільтр), мішечок з торфом для окислення води (хімічний фільтр) і гравій, чинний, як біологічний фільтр, причому вода проходить через ці фільтруючі середовища в зазначеному порядку. Губка буде швидко засмічуватися, і її, ймовірно, доведеться промивати щотижня. Торф, швидше за все, потрібно буде оновлювати через кожні дві-три тижні. Що стосується гравію, то одну третину його потрібно буде промивати не частіше ніж раз в шість тижнів, а якщо можливо, то ще рідше. Якщо наповнювач біологічного очищення вимагатиме уваги частіше, це означає, що обсяг цього матеріалу в фільтрі, цілком ймовірно, недостатній для даного акваріума. У деяких випадках це просто свідчить про те, що акваріум перенаселений рибами або що риб перегодовують.