Куріння вже визнано фактором ризику захворювань періодонта, однак їхня істинна причина поки невідома, в основному тому, що ці захворювання хронічні і розвиваються поступово, без явних симптомів, у зв'язку з чим їх тривалі дослідження не практичні.
Захворювання починається простий запальною реакцією на скупчення нальоту у зубо-ясенного краю. Початкова бактеріальна флора складається з грампозитивних стрептококів і актиноміцет, основних видів мікрофлори ротової порожнини, які формують наліт.
Ці скупчення бактерій створюють анаеробне середовище, в результаті чого через деякий час в нальоті можна виявити грамнегативні анаероби. Якщо пацієнт нехтує гігієнічними процедурами по догляду за ротовою порожниною, анаероби розростаються і потрапляють в десневую борозну і поглиблення в місці прилягання ясен до зуба. Зрештою може з'явитися Ясенні кровотеча (гінгівіт). Якщо запалення не припиняється, наліт (тепер уже поддесневой наліт) поступово поширюється вниз по поверхні кореня зуба, що призводить до відокремлення зуба від навколишнього альвеолярної кістки (періодонтит). В кінцевому підсумку в нинішньому зубо-ясенній кишені може міститися до 108 видів бактерій, в основному, грамнегативних анаеробів. Процес відділення зуба від кістки вважається незворотнім.
У міру поширення періодонтиту вниз по поверхні кореня зуб поступово розхитується і, врешті-решт, випадає. Вважається, що гінгівіт і періодонтит розвиваються один за одним, приводячи до руйнування періодонтальних зв'язок і остеопорозу. Вважалося, що такі профілактичні заходи, як дотримання гігієни та періодичне видалення зубного нальоту можуть зупинити або, принаймні, затримати розвиток процесу. Однак у деяких пацієнтів захворювання періодонта розвивається не поступово, а епізодично.
Так, наприклад, в одному з досліджень пацієнтів з розвиненим захворюванням ясен оглядали кожні два місяці (лікування не проводилося). Через рік приблизно у 5% досліджуваних виявилася втрата прилягання ясна в 2 мм і більше, причому руйнування зв'язок відбулося за 1-2 місяці, а у більшості в той же час не було відзначено змін. Така схема розвитку захворювання, коли руйнування зв'язок відбувається не поступово, а «поштовхами», підтверджує інфекційну модель. Активність захворювання може різко зрости в будь-який момент в невеликій групі пацієнтів.
Швидкий розвиток хвороби у людей у віці до 30 років вказує на важку, агресивну форму захворювання ясен, відомого як ранній періодонтит. З іншого боку, види бактерій, що викликають захворювання, є частиною нормальної мікрофлори зубного нальоту (крім А. actinomycetemcomitans). Тому просте присутність цих організмів не може бути діагностичним критерієм. Крім того, кожен з патогенів виробляє таку кількість біологічно активних молекул, що дивно, як людині взагалі вдається зберегти так багато зубів.
Імовірно, пояснення полягає в тому, що зазвичай бар'єрів проти впровадження бактерій і запальної реакції на біологічно активні молекули досить, щоб запобігти втраті зубів. Однак якщо ці захисні механізми порушені (особливо якщо є нейтрофільні дефекти), захворювання періодонта приймає важкі форми. В принципі, симптом захворювань періодонта часто помічають у себе пацієнти з циклічної нейтропенією і хронічним гранулематозом. Не дивно, що у людей з вірусом імунодефіциту (ВІЛ) дуже часто спостерігаються важкі форми захворювань періодонта.
Таким чином, зниження опірності організму інфекціям може послужити поштовхом до епізодичного руйнування тканин періодонта. Іншим фактором може стати надмірно висока концентрація одного або більше видів бактерій в нормальній мікрофлорі. Наприклад, якщо в підясневих нальоті накопичується кількість B.forsythus, що перевищує порогове значення, включаються захисні механізми і може початися руйнування тканин.