У міру подальшої роботи над першою частиною з'явилися сцени, не тільки заповнили лакуни в зв'язковому розвитку сюжету (поява Мефістофеля в образі чорного пуделя, кухня відьми і ін.), А й принципово важливі для загального філософського задуму: перш за все, пролог на небі і сцена договору, що створюють свого роду смислове рамку не тільки першої, але і майбутньої другої частини. У пролозі Господь і Мефістофель сперечаються про призначення людини і про межі людського духу: Мефістофель стверджує, що людина за своєю природою зол і що його можна задовольнити примітивними тваринами насолодами, Господь же вірить в безмежність шукань і «неясних прагнень», які, всупереч всім помилкам, виведуть добру людину на істинний шлях. Ставкою в цій суперечці обраний Фауст, його порятунок або загибель.
Уже в цій сцені ясно виступає стилістичне багатоголосся, яке пронизує весь поетичний лад трагедії: високий біблійний стиль (хор архангелів) чергується з невимушено розмовними, фамільярними промовами Мефістофеля. Точно так же в першому монолозі Фауста стилізований під Ганса Сакса розмовний вірш (кніттельферс) раптово переходить у високу патетику ямбічних рядків, а побутові сцени, знижені до межі непристойності, змінюються глибоко ліричними піснями Маргарити і філософськими роздумами Фауста.
Ключова сцена першої частини - договір Фауста з Мефістофелем - ясно показує, як далеко Гете пішов від першоджерела - легенди про грішника, котрий продав душу дияволові за звичайні земні блага і за неосяжні знання. Фауст відкидає всі, ніж намагається спокусити його Мефістофель, - багатство, славу, любовні втіхи, він проклинає уявні моральні цінності, колись викликані йому релігією, - віру, надію на волю Всевишнього і, головне, терпіння, синонім бездіяльності. Умовою договору він ставить не суму одномоментних насолод, а саму можливість вичерпати свої бажання, «зупинити мить», визнавши його прекрасним, і тим самим покласти край прагненням свого духу. За таке відступництво він готовий заплатити своєю душею.
На короткий час Фауст і Мефістофель як би міняються ролями: глузливий рис з раптовою урочистістю вимагає ритуальної розпису кров'ю, а Фауст з істинно просвітницьким скепсисом відкидає саму думку про загробний світ і відплату за диявольський пакт; його горе і радість пов'язані з земним світом, і наступну дію розвивається як прилучення розчарованого в книжковій премудрості вченого до цього земного світу, як пізнання людських радощів і страждань. Кульмінація цього пізнання - трагедія погубленої їм Маргарити. Тривожний і неосяжний світ Фауста, пронизаний злетами духу і низинними падіннями плоті, лише на короткий мить перетинається із замкнутим, «домашнім», зворушливим світом наївною і самовіддано люблячої дівчини, руйнує цей світ і накликає на неї ганьба і загибель. Гете далекий від однозначних звинувачень або виправдань своїх героїв: засуджена за свій гріх божевільна Маргарита сама себе судить, відмовляючись бігти з Фаустом з в'язниці і поневірятися по світу «з нечистою совістю», але вищий суд - голос з неба вимовляє слово «Врятована!». Фауст, охоплений каяттям, слід за Мефістофелем, і доля його в кінці першої частини залишається відкритою.
У релігійно-філософському сенсі Фауст і Мефістофель у Гете дуже далекі від своїх прототипів в народній легенді. Це особливо чітко звучить в сцені пояснення Фауста з Маргаритою, яка вимагає від нього прямої відповіді - чи вірить він в Бога так, як велить священик. Ця сцена була вже в «Пра-Фауста», і в ухильному відповіді Фауста чується відгомін пантеистических настроїв тих «штюрмерской» років. Новий відтінок його релігійне вільнодумство отримує в написаній пізніше сцені тлумачення Євангелія: «Спочатку була справа!» (Замість канонічного «слово»).
Мефістофель, зі свого боку, - цілком освічений і сучасний рис, іронічний, нещадно переконливий в «зривання масок», що викриває Фауста в прихованих потягах і інстинктах, які той сам від себе хотів би приховати. Це цинік, насолоджується «пробудженням скотинячої натури» в людині, і одночасно - втілення могутньої сили заперечення, що спонукає людину до дії, до реалізації своїх духовних можливостей, «частина тієї сили, яка, бажаючи зла, творить добро». Саме така роль призначена йому Господом в «Пролозі на небі». У цьому глибока діалектика створеного Гете образу.
Особливе місце в першій частині займають «Присвята» і «Театральний вступ» (інакше: «Пролог в театрі»), якими відкривається трагедія. «Посвята» - проникливе ліричний вірш, в якому звучить і скорботне спогад про молодість і минулих друзів, і роздуми про долю майбутнього творіння, і тривожна настороженість по відношенню до його новим читачам. У свідомості поета сплавлені минуле і сьогодення, особисто пережите і створений ним художній світ. «Театральний вступ» - бесіда Директора театру, Поета і Коміка про завдання театрального видовища, місії мистецтва і художника, яку кожен з них тлумачить по-своєму: Директор - як комерційне підприємство, розраховане на невимогливу публіку; Поет - як високе призначення, спрямоване до нащадків; Комік - як швидку і дієву реакцію на запити сучасного глядача, якому потрібно в концентрованому вигляді показати і «пояснити» його власну, чи не усвідомлену їм життя. У афористично стислих віршах Гете формулює свої теоретичні ідеї про організуючою і перетворюючої ролі мистецтва (див. Гл. 23).
Набагато складніше для тлумачення друга частина трагедії, пронизана символікою, алегоріями, міфологічними образами і асоціаціями. Фантастичний елемент, присутній вже в першій частині ( «Кухня відьми», «Вальпургієва ніч»), тут різко посилюється і стає панівним. «Малому світу» земних людських відносин першої частини приходить на зміну «великий світ», макрокосм: історія (античність і середньовіччя) і космічний охоплення природи. Тут і «наукова фантастика» з сатиричним підтекстом (виведений Вагнером в колбі чоловічок Гомункулус, провідний наукові суперечки з Мефістофелем), і проблеми синтезу художньої культури різних епох - алегоричний шлюб грецької Олени, що символізує античне мистецтво, і Фауста - втілення нового часу, народження і загибель їхнього сина - прекрасного юнаки Евфоріон, в якому сучасники безпомилково впізнавали Байрона.
Після краху цієї естетичної утопії і зникнення Олени (в III акті) Фауст - уже глибокий старий - звертається до практичної діяльності: отримавши від імператора в нагороду за перемогу прибережну смужку безплідної землі, він мріє захистити, її від повеней і обробити на благо людям. У цьому він бачить мету і сенс свого життя, передсмертне вищу задоволення досягнутим:
Ось думка, якої весь я відданий,
Підсумок усього, що розум зібрав.
Лише той, ким бій за життя зазнав,
Життя і свободу заслужив.
(Пер. Б. Пастернака)
Мефістофель намагається забрати в пекло «програну» душу померлого Фауста, але божественні сили підносять її на небо, де її чекає зустріч з «вічно жіночним» початком, втіленим в Маргариті. Справжня перемога Фауста над Мефістофелем, запорука його фінального «порятунку» - в нескінченності цього «зупиненого» миті, насправді - рухається, задуманого їм справи, яке виходить за рамки одиничної людського життя, триває в праці й боротьбі майбутніх поколінь.