Сучасна діагностика інфекційних захворювань заснована на виявленні нуклеотидів збудника або специфічних антитіл. Для виявлення перших використовується полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР), для виявлення антитіл - головним чином, імуноферментний метод (ІФА). Слід зауважити, що діагностика інфекцій за наявністю специфічних антитіл в сироватці хворого має певні обмеження. Перше - не дозволяє ранню діагностику інфікування. Відомо, що перші антитіла в виявлених титрах у хворого визначається через кілька днів, а в окремих випадках і тижнів від моменту проникнення збудника. Друге - не дозволяє діагностувати повторному зараженню тим же збудником через короткий інтервал часу. Антитіла після перенесеного першого захворювання можуть тривалий час перебувати в кровотоці, тим самим маскувати хвилю вироблення вторинних антитіл. Третє - не дозволяють констатувати після закінчення курсу специфічної терапії ефективність її проведення і протягом декількох тижнів (місяців) зробити висновок про елімінації збудника. Разом з тим, метод ІФА має ряд переваг (простота, висока специфічність і чутливість), що визначило його широке використання в клінічній практиці. За допомогою цього методу (за наявністю специфічних антитіл) ведеться діагностика ВІЛ-інфекції, цитомегаловірусної інфекції, кору, коклюшу, краснухи, вірусів герпесу, хламідій і інших збудників.
Слід зазначити, що зараз також широко застосовуються традиційні методи иммунодиагностики інфекційних захворювань: реакція імунофлюоресценції (діагностика микоплазменной інфекції, дизентерії, черевного тифу, сальмонельозу, бруцельозу тощо.), Реакція аглютинації (РА), реакція непрямої гемаглютинації (РНГА) (діагностики дизентерії, черевного тифу, холери, сибірки, ботулізму і ін.), реакція гемаглютинації (РГА) і реакція гальмування гемаглютинації (РГГА) (діагностика грипу, парагрипу, епідемічного паротиту, поліомієліту та ін. ), Реакція нейтралізації антигену (РНА) (виявлення екзотоксинів, вірусів кору, паротиту, краснухи, вірусного енцефаліту), реакція преципітації (РП) (діагностика менінгококової інфекції, поліомієліту, черевного тифу, дизентерії, бруцельозу тощо.), Реакція зв'язування комплементу ( РСК), реакція нейтралізації антитіл, іммуноблотінга.
Важливим моментом в обстеженні інфекційного хворого є скринінг його імунної системи, який переслідує такі цілі: 1) визначення напруженості специфічного імунітету (визначення концентрації в сироватці хворого специфічних захисних антитіл та активності цитотоксичних лімфоцитів); 2) виявлення імунопатологічних реакцій і ступеня сенсибілізації організму збудником інфекції; 3) визначення загальної імунореактивності організму з метою прогнозування захворювання, визначення ризику розвитку ускладнень і вторинної інфекції, а також своєчасного включення в комплекс лікувальних заходів методів імунотерапії.