Історія про те, як виник цей кисломолочний продукт, здається досить незвичайною. Вважається, що Кавказький хребет, вірніше його північний схил, і є батьківщина кефірних грибків, цих жовтуватих горошин. Місцеві жителі дали їм назву - «Пшоно Пророка», а в деяких селищах їх називали - «зерна Магомета». Згідно з легендою, Магомет сам приніс ці горошини в дар горянам. Він і навчив їх застосовувати ці горошини для приготування особливого продукту. Ось тільки горянам було заборонено дарувати «зерна Магомета» іновірців.
Жителі Кавказу - володарі кефірних грибків, стали часто готувати напій, який вважався божественним. У різних регіонах він називався по-своєму. Десь - кеп, комусь більше подобалося - кхагу, а кому-то - чиппе. Проходили століття, а рецепт приготування продукту не змінювався. Як і раніше, молоко наливали в бурдюк (надалі стали застосовувати глиняну посудину), туди ж додавали і грибки. Для прискорення процесу бродіння ємність залишали на дорозі для того, щоб перехожі копали його ногами.
Однозначних відомостей про походження кефіру в Росії немає. Згідно з однією версією, російський лікар отримав дорогоцінну закваску (у вигляді подарунка в 1866 році) від одного чеченця. За іншою ж версією, в Москву кефір потрапив в 1908 році з околиць Кисловодська. І доставила його Ірина Сахарова - помічниця молокозаводчика Бландова. Дівчина примітна своєю красою і безстрашністю була відправлена Бландова до князю Бек-Мірзі Байчарову (постачальнику місцевої сироварні), щоб умовити його про продаж грибків. Очманілий красою Ірини, князь готовий був поступитися їй, але затягував з рішенням, боячись порушити заборону пророка. Син Бек-Мірзи, закохавшись в Ірину, викрадає її. У момент пропозиції їй руки і серця з'являється поліція. Молодому князеві загрожує суд. І ось тоді князь Бек-Мерза Байчаров пропонує постраждалої компенсацію у вигляді грибків (10 фунтів). Так фірма Бландова завдяки цим подіям через деякий час змогла почати випуск кефіру.
Доведено, що в складі мікрофлори кефіру грибка містяться такі мікроорганізми, як дріжджі, оцтові бактерії, молочнокислі палички, стрептококи і ароматобразующіе речовини. Приготування кефіру сприяють два основні процеси: бродіння спиртове і бродіння кисломолочне. Втративши свою недоступність, «пшоно Пророка» так і залишилося загадкою для всіх. Вчені так і не змогли вивести кефірний грибок штучним шляхом.