Можливо припустити, що вона отримала свою назву в XV в. по імені княгині Марії Ярославни, матері Івана III, мабуть, що організувала тут поселення.
У XVII ст. село входила до складу Коломенської палацової волості і тут жили рибалки, ловили рибу в озерах заплави Москви-ріки. На березі одного з них - озера Нохтево і розташовувалася село.
У XIX ст. село вважалася в питомій відомстві і в середині століття в її 23 дворах значилося 170 душ чоловічої статі і 159 жіночої. До кінця століття населення Мар'їна склало вже 517 чоловік.
Надалі історія цих місць була досить типовою для всього найближчого Підмосков'я. Єдиною відмінністю стало те, що в кінці XIX ст. поблизу Мар'їна, на Мар'їному і Червоному луках, задумали будувати каналізаційні споруди - поля зрошення. Селяни довго опиралися цьому, але після того як місто заплатило за ці землі великі гроші, в 1892 р розгорнулося будівництво, і вже в 1898 році почала діяти перша черга міської каналізації. Вона обійшлася Москві в величезну на ті часи суму в 2 млн. 879 тис. Рублів. Самі ж Люблінські поля фільтрації зайняли величезну територію - понад тисячу гектарів землі. У 1978 р після введення в дію Курьяновской станції аерації поля поступово були засипані і на їх місці почалося масове будівництво житла.
За матеріалами книги Авер'янова К.А. «Історія московських районів».