Дія фільму відбувається в невеликому американському містечку. Група кішок хитрістю заманила пса Бадді на свою територію і нейтралізувала, прихопивши його в невідомому напрямку. Викрадення випадково помітив пес Бутч. Він попрямував в свою будку і активував систему зв'язку з Центром Всесвітньої Організації Собак. Викрадений пес Бадді здійснював охорону і оборону ввіреного йому об'єкта-сім'ю Броуді, глава сімейства якої, вчений -Біологія (Джеф Голдблюм). розробляв засіб від алергії на собак. Прагне до світового панування якоїсь організації кішок, цей препарат заважав посварити расу людей і їх союзників - собак. Бутчу доводиться провести інструктаж для Лу, цуценя, випадково потрапив в сім'ю Броуді, і відкрити головний секрет війни з кішками. Виявляється, в стародавні часи кішки правили людьми. Поки собаки - вірні друзі людини, вони не повстали проти. Вони повалили владу кішок. Заодно ми дізнаємося, яка доля Бадді. А він без турбот живе з новими господарями. Після розповіді Бутча і навчання основним бойовим прийомам Лу вступає до лав агентів-собак.
В цей час злісний кіт Тінклс наказує трьом сіамським котам-ніндзя розправитися з Лу. Ніндзя проникають в будинок, однак Лу виявляє їх і в нерівній сутичці, пам'ятаючи навчання Бутча, проганяє котів. Але кіт Тінклс придумує новий план і, під прикриттям бездомного кошеняти, направляє до Броуді кота, російського найманця-підривника. Лу і зреагувала Бутч виявляються безсилі проти російського фахівця таємних операцій. Русский кіт встановлює бомбу на сейфовую двері лабораторії професора Броуді, але раптово сам професор різко виходить з цих дверей, збиває російського кота і руйнує всі його плани. А Бутч деактивує бомбу на двері лабораторії.
Скотт Броуді дуже хоче навчитися грати в футбол. але у нього не дуже виходить. Лу, незважаючи на заборону зближуватися з людьми, вирішує допомогти Скотту пограти в футбол. Процес гри зближує Лу і Скотта один з одним.
Тим часом Тінклс починає приводити свій план в дію. Він викрадає сім'ю Броуді і шантажують Лу, що якщо він не привезе в призначене місце результати дослідів професора Броуді, то він більше не побачить своїх господарів. Організація собак вирішує, що віддавати зразки робіт професора занадто небезпечно. Але щеня свариться з Бутч, і всупереч усьому віддає кішкам препарат.
Однак коти не стримують обіцянки і залишають Лу ні з чим. Тінклс на основі робіт Броуді становить препарат, що викликає алергію на собак і іспробивает його дію на Скотті. Подальша частина плану полягає в тому, щоб обприскати розчином мишей, яким він обіцяв купу сиру і влада над Австралійським материком, і пустити їх по всьому світу, щоб вони заразили всіх людей цим препаратом.
Але Лу, Бутч і його подруга Айві влаштовують на заводі, що є притулком Тінклса, диверсію, змивають весь розчин, а коли щеня перемагає підступного кота, а сім'я Броуді вибирається з будівлі, на заводі відбувається вибух.
Бутч і Айві витягують з палаючих залишків будівлі бездиханного Лу. Але маленький герой виявляється живим, і повертається додому.
На пропозицію Бутча стати штатним агентом дає відмову - він хоче бути простим домашнім щеням