У амфібій є два роду дихальних органів (не рахуючи шкіри): зябра і легені. Ослаблення зябрового дихання і виступання на сцену легеневого дихання спостерігається вже у Dipnoi; зміни в цьому напрямку спостерігаються у Polypterus, і Lepidosteus. У амфібій зябровий подих зберігається насамперед у личинок, а потім у тих Urodela, які все життя проводять і воді (Perennibranchiata в колишніх системах). Зяброві щілини успадковані амфібіями від рибообразних предків. Зяброві дуги виявлені у стегоцефал, у личинок і у деяких дорослих (Branchiosauridae). Всі сучасні амфібії в личинковому стані дихають зябрами. Нормально у них закладається 5 вісцеральних мішків і 6-й недорозвинений. Ho назовні відкриваються не всі: зябрових щілин утворюється 4 або ще менше. Іноді щілин значно менше, ніж дуг. Наявність щілин і дуг є доказом походження амфібій від риб. Внутрішні зябра, гомологічні зябер риб, зустрічаються, однак, тільки у личинок Anura у вигляді коротких виростів покривів на дугах, які поділяють зяброві щілини. М'якої зябрової кришкою (operculum), розростається з боку гиоїдной дуги, жаберная область прикривається зовні. Зяброві кришечки правої і лівої сторін зливаються між собою з нижньої сторони, залишаючи у деяких Anura парні отвори, а у більшості - одне непарне на лівій стороні тіла.
На ранніх стадіях розвитку у личинок Anura і у всіх інших амфібій є тільки зовнішні зябра, гомологічні, мабуть, зовнішнім зябер личинок Polypterini і Dipnoi. У Apoda і у Anura зовнішні зябра існують лише в личинковому періоді, на ранніх стадіях розвитку, у Urodela ж, вдруге повернулися до водного життя, вони зберігаються все життя. Звідси назва для цих амфібій - постійно зяброві (Perennibranchiata), хоча назва ця, як було сказано, обіймає групи амфібій, що мають різне походження. Зовнішні зябра, ймовірно успадковані амфібіями від кистеперих риб.
Легкі амфібії мають вигляд довгих циліндричних мішків з тонкими стінками (у Urodela) або більш коротких (у Anura). У безногих праву легеню розвинене набагато більше лівого. З'явилися легкі у предків чотириногих ще задовго до виходу па сушу. Ми бачимо такі ж легкі у Двоякодихаючих. З'явилися вони, очевидно, в якості додаткового органу дихання внаслідок недостатнього розвитку зябрового дихання, з одного боку, і можливо несприятливих для дихання умов в пересихає і порт водах - з іншого. Задня частина зябрової порожнини розвинулася у них в додатковий дихальний орган. Спочатку цей орган, який мав вигляд двулопастного мішка, відкривався на нижньому боці глотки, був недосконалий: стінки його повинні були бути багнистими, хоча і рясно забезпеченими кров'ю, зі слабо розвиненими або майже нерозвиненими перегородками. Як все зяброві випинання (щілини), він мав гладку висцеральную мускулатуру і иннервирована блукаючим першому.
Легкі амфібій мало змінилися в порівнянні з цим: у водних Urodela легені виконують скоріше роль гідростатичного апарату і мають гладку внутрішню поверхню; висота організації їх навіть нижче, ніж у Dipnoi, Нормально ж у амфібій внутрішня поверхня легенів є ячеистой завдяки тому, що в порожнину легкого вдається система перекладин (рис. 253). Вельми цікаво, що чим більше наземним є той чи інший вид, тим більш розвиненими є поперечини в легких: у жаби легке більш ячеисто, чому жаби. У роду Ascaphus, що живе в гірських струмках, в воді, багатій киснем, сильно розвинене шкірне дихання, легені же, навпаки, маленькі і слабо забезпечуються кров'ю. Ряд амфібій з підряду Salamandroidea (Salamandrina, Plethodon, Spelerpes, Batrachoseps і ін.) Абсолютно втратив легкі, замість якого глоткове і шкірне дихання сильно розвинулося.
Легеневі мішки в найпростішому випадку з'єднуються між собою попереду, відкриваючись безпосередньо в глотку поздовжньої щілиною, підтримуваної по сторонам хрящовими смужками. Ці хрящові смужки за допомогою прикріплюються до них м'язів можуть розширювати і звужувати горлову щілину.
Хрящі ці відбуваються з останньої зябрової дуги і в найпростішому вигляді зустрічаються у деяких Urodela. Від цих хрящів можуть відокремлюватися хрящики, звані перстневидного хрящами. Їх можна порівнювати з черпаловіднимі хрящами (cartilagines arythenoidea) вищих хребетних. Деякі Urodela, а також Apoda мають досить довге дихальне горло, підтримуване хрящовими кільцями. У Anura слизова оболонка в гортані утворює голосові зв'язки. Гортань має складну мускулатуру. На дні або по кутах рота знаходяться резонатори, що надуваються при квакання.
Механізм дихання наземних амфібій має своїм коренем рефлекси, що спостерігаються у риб і водних амфібій. Найближче до дихання риб дихання личинок Anura, що мають внутрішні зябра, оперкулярной складку і освічену їх зрощенням зяброву порожнину, що відкриваються назовні одним отвором. Крім того, у личинок амфібій ротова порожнина рясно забезпечена кров'ю. Забираючи воду в рот і проштовхуючи її шляхом підняття щелеп через ніздрі, личинки збільшують газовий обмін в ротовій порожнині. Коли ж личинки підростають, вони піднімаються до поверхні, де заковтують повітря подібно цератод, і підняттям дна ротоглоточной порожнини проштовхують повітря в легені. У водних Urodela спостерігається подібний акт. При опусканні дна ротоглоточной порожнини і при закритих ззаду зябрових отворах вода Насмоктувати в ротову порожнину через рот або ніздрі або через те й інше разом. Шляхом подальшого підняття дна ротової порожнини при закритих ніздрях вода виштовхується через зяброві щілини. Завдяки цим рухам слизова оболонка рота і глотки вступає в зіткнення з новими масами води, а у зябер виходить рух, оновлююче дихальну середу.
У наземних амфібій механізм дихання є актом заковтування повітря завдяки опускання м'язистого дна ротової порожнини і проштовхування його в легені внаслідок підняття дна. Таким чином, дихання наземних амфібій є актом, здійснюваним за типом нагнетательного насоса, що переважає у нижчих риб. Безпосередньою основою, на якій він розвивається, є механізм дихання постоянножаберних амфібій. Цей останній, спостережуваний, наприклад, у Necturus, повинен був розвинутися у віддалених рибообразних предків амфібій. З нього вже розвинувся більш складний тип дихання наземних - Anura.
У безлегеневих саламандр сильно розвинений газообмін внутрішньоротової і глоткової порожнини, що відбувається за допомогою частих, до 120-170 коливань в хвилину діафрагми рота (у жаб їх 30).
Взагалі слід сказати, що легеневе дихання у амфібій в цілому є допоміжним способом дихання. У цьому також є вказівка і па його іншої природи походження.
Дихання сучасних амфібій ні в якому разі не могло бути джерелом розвитку дихання вищих Tetrapoda (дихання за допомогою підняття ребер, розширення грудної клітки і насасиванія таким чином повітря). Останній тип міг виникнути, у всякому разі намітитися у найдавніших вимерлих амфібій, що мали довгі ребра.