Патріарх Гермоген в темниці Чудова монастиря. Художник Павло чистячі, 1860р.
13 травня 1589 святитель Гермоген (на той час прийняв чернецтво) був зведений в сан митрополита Казанського й Астраханського, третього по честі ієрарха Руської Православної Церкви після Патріарха і митрополита Новгородського). Складність управління єпархією полягала не стільки в тому, що вона була однією з найбільших на південних кордонах Русі. Ця порівняно молода єпархія (вона була заснована в 1555 році, в її канонічну територію увійшли колишні Казанське і Астраханське ханства) була, напевно, найбільш багатонаціональною в Російській державі. Її населяли росіяни, татари, чуваші, марійці і інші народи Поволжя, багато з яких сповідували іслам, і взаємини християнства і мусульманства були тут досить непростими. У 1602 році, щоб поліпшити духовне управління цим краєм і посилити місіонерську діяльність, святитель Гермоген виділив з єпархії Астраханську епископию, більш спокійну в конфесійному плані, а за собою залишив складний у всіх відносинах Казанський край. Відтепер його титул став звучати як митрополит Казанський і Свіяжскій.
У турботах про єпархії, святитель Гермоген не зводив місіонерську діяльність від просвітництва. Вище вже говорилося про відкриття друкарні в Казані - справі на Русі, а тим більше далеко від столиці, не тільки новим, але і новаторським. Вона стала третьою після Москви і Александрової слободи, заснованих Іваном Грозним.
Можна сказати, що саме в Казані святитель показав своє розуміння подвигу: просвіта та мучеництво за віру для нього були невіддільні від ратного подвигу. У 1595 році митрополит Гермоген з благословення Патріарха Іова провів набуття мощей і канонізацію просвітителів Казані - архієпископів Казанських Гурія і Германа і єпископа Тверського Варсонофія. А разом з канонізацією Казанських мучеників Іоанна, Петра і Стефана, які взяли смерть за небажання відмовитися від віри (одна тисяча п'ятсот дев'яносто два), вперше стало відбуватися особливе поминання воїнів - християн, полеглих під час взяття Казані у 1556 році
Смерть царя Федора Івановича (1598) застала святителя Єрмогена в Москві. Припинення правлячої династії поставило всіх перед нелегким вибором нового государя. Разом з іншими ієрархами святитель брав участь у всенародному молінні біля стін Новодівичого монастиря, просячи Бориса Годунова вступити на престол, був присутній він і на Земському соборі, котра обрала Бориса Годунова царем. І тут важливо підкреслити найважливіше обставина, що визначило подальші вчинки святителя: гостре розуміння того, що після припинення династії запорукою стійкості держави є законно обрана влада православного царя.
У 1603 році монах-розстрига Юрій Отреп'єв (в чернецтві Григорій), що видав себе в Речі Посполитої за «чудово врятувався» царевича Дмитра, сина і спадкоємця Івана Грозного, в супроводі невеликого загону поляків перейшов кордон Русі. Зусилля Бориса Годунова зупинити його просування до Москви були марні. Самозванця визнали законним правителем. З його появою прихована громадянська війна, що не виходила за межі інтриг окремих кланів в боротьбі за владу, стала переростати в відкриту фазу або, кажучи простіше, в масштабні збройні сутички.
Лжедмитрій вважав, що лояльність архієреїв можна купити. На наступний день після призначення Ігнатія Патріархом він засновує сенат, куди крім Речі Посполитої включає не тільки представників шляхетних боярських родів, але і всіх російських архієреїв. Одне з перших місць дістається митрополиту Казанському і Свияжскому Єрмогену. Викликаний до Москви, святитель не став слухняним виконавцем волі самозванця. Уже в кінці літа або початку осені 1605 року напередодні приїзду «гордої полячки» Марини Мнішек, нареченої Лжедмитрія, Гермоген разом з єпископом Коломенським Йосипом (якому також належало одне з перших місць в сенаті) заявив царю, що його шлюб буде беззаконням, оскільки його обраниця не хрещений у православ'я. Підкреслимо, що майбутню одруження православного царя на ревною католичкою святитель Гермоген сприйняв як перекручення природи царської влади. Його вимога підтримали і багато настоятелі московських храмів.
Спочатку самозванець пішов на поступки і попросив дозволу у знаходився в Москві папського нунція дозволу, щоб Марина Мнішек хоча б зовні дотримувалася православну обрядовість. У цьому питанні він знайшов гарячу підтримку у Патріарха Ігнатія. Але, оскільки святитель Гермоген залишався непохитним, а Рим наполягав на збереженні віросповідання нареченої, Лжедмитрій вирішив діяти випробуваним способом: позбавити непокірного архієрея сану, заслати в Казань і заточити в одному з віддалених монастирів. Було піднято і компромат, що зберігся в справах наказу казанського палацу: доноси на святителя, «які на нього з Казані російські люди робили».
План не вдався. Святителя врятувала віддаленість Казані і наступні події. 17 травня 1606 в Москві спалахнуло повстання, вміло інспіроване Василем Шуйський і його прихильниками. Самозванець загинув. Майже відразу ж Ігнатій був зведений з престолу Архієрейським Собором. Держава залишилася без царя, а Церква - без Патріарха.
Влада царя і Патріарха була відновлена. Але громадянську війну це зупинити вже не могло. Блискучий придворний інтриган, Шуйський виявився слабким правителем, до того ж законність його обрання на престол повисла в повітрі. Багато повіти царем його не визнали. Але навіть такий цар, як вважав не тільки святитель Гермоген, був необхідний для відновлення нормального порядку на Русі. Підтримка Патріархом царя найбільше нагадує спробу відновити в умовах жорстокої політичної кризи традицію симфонії влади, прикладом якої для святителя, без сумніву, був подвиг святих митрополита Філіпа і Патріарха Іова.
Треба сказати, що новий глава Російської Церкви прекрасно усвідомлював складність становища, в якому він опинився після обрання: святитель Іов, незаконно зведений з престолу і навіть залишаючись на засланні, фактично був законно обраним Патріархом, хоча за станом здоров'я вже не міг керувати Церквою. Архіпастирства двох святителів, обраних Освяченим Собором, розділило царювання Лжедмитрія.
У ситуації, що створилася Патріарх Гермоген виявився єдиним законним носієм влади. І на цьому етапі захист держави, невіддільна від захисту віри, виступила на перший план його служіння.
Скинення Шуйського Патріарх не визнав, а покликанням польського королевича чинив опір, вважаючи, що більш гідними кандидатами на престол є православні люди - князь Василь Голіцин і чотирнадцятирічний Михайло Романов, внучатий племінник царя Федора Івановича. Знову він намагався переконати з Лобного місця народ: «Мені самому достеменно відомо королівське зле зумисне над Московською державою, хоче він їм ... заволодіти і нашу справжню християнську віру розорити, а свою латинську затвердити». До Патріарху прислухалися: однією з умов обрання нового царя стало хрещення в православ'я. Це рішення, схвалене святителем Єрмогену (за умови, що в намірі королевича НЕ буде обману), було більш конкретизовано і посилено в грамоті послам в Смоленськ, де в цей час перебував король Сигізмунд III. Як і водиться, посли були обмануті: король оголосив, що його син сам вільний в хрещенні, кандидатуру ж російського царя - королевича або самого короля - повинен затвердити польський сейм. Поки ж суть та діло, в Росію повинні увійти польські війська для досконалого її приборкання.
Семібоярское уряд впустило в Москву польський гарнізон. Почалася іноземна окупація. Договір з королевичем Владиславом перетворився на фікцію, оскільки стати замість нього російським царем виявив бажання Сигізмунд III. Саме дії поляків в Москві і Смоленську призвели до кристалізації ідеї всенародного ополчення для звільнення столиці та відновлення законної царської влади. Ідеї, яка гаряче була підтримана святителем Єрмогену, якого дії поляків і їх російських прихильників перетворили в одного з головних організаторів ополчення. Патріарх пригрозив прокляттям тим, хто побажає передати престол польського короля, і закликав до відкритого непокори увійшов в Москву полякам. Що ж стосується ополчення, яке почав формувати в Рязані Прокопій Ляпунов, то святитель Гермоген благословив його служити королевича Владиславу тільки в тому випадку, якщо він прийме православ'я. В іншому випадку ополченці звільнялися від даних йому клятв і призивалися в похід на звільнення Москви.
Перелякані поляки і їх прихильники в Москві просили святителя написати ополченцям грамоти, щоб вони не йшли до столиці. Даремно. Святитель був непохитний: «Напишу, щоб повернулися, якщо ... все ... зрадники і королівські люди вийдете геть із Москви ... бо бачу попрання істинної віри від єретиків і від вас, зрадників, і розорення святих Божих церков і не можу більше чути співу латінскаго в Москві ».
Гермоген або Гермоген?
У всіх видання до моменту прославлення в 1913 році патріарх іменується як Гермоген. Але після прославлення він стає Єрмогену. Таке рішення прийняв Св.Синоду, тому що святійший патріарх Гермоген сам підписувався ім'ям Гермоген.
А за версією американського історика Грегорі Фріза, основна причина в тому, що Гермогеном звали опального єпископа саратовського, активно виступає проти обер-прокурора Саблера і Григорія Распутіна. Щоб не було плутанини і ім'я нового святого не асоціювалося з ім'ям опального архієрея, Синод і відновив стародавню орфографію імені патріарха - «Гермоген».