Згідно новгородським літописом в язичницькі часи князь Володимир, майбутній хреститель, влаштував тут в 980 році капище зі статуєю войовничого бога Перуна, покровителя грому і блискавки. Легенди розповідають, що дерев'яний бог зі срібною головою і золотими вусами був встановлений на залізних ногах, зображуючи громовержця. В руках статуї був затиснутий прикрашений рубінами камінь, який символізував блискавки. У 989 році відбулося хрещення Великого Новгорода, язичницькі святилища були знищені, разом з ними був скинутий в Волхов і Перун. Для зміцнення нової віри на місці капищ стали будувати храми.
Датою будівлі першої дерев'яної церкви Різдва Богородиці в Перинской гаю вважається 995 рік. Очевидно, що в цей же час був заснований скит - невеликий монастир з суворим статутом, що знаходиться далеко від цивілізації. У XIII столітті церква Різдва Богородиці була перебудована в камені - саме вона дійшла до наших днів. Варто відзначити, що це один з найменших новгородських храмів - довжина стіни біля основи складає всього лише 8 метрів. Ще однією особливістю архітектури є звуження стін вгорі, що надає церкви спрямованість до неба.
Рання історія Перинского скиту втрачена, однак інформація про нього періодично зустрічається в літописах. Документи згадують, що в 1386 році монастир постраждав при Дмитра Донському, в 1552 році обитель згоріла, в 1623 році в скиті проживав лише старець Максим, що залишився тут після шведського розорення 1609-1615 років.
Перинскій скит існував до революції, після чого монастир згідно радянської влади був закритий, але при цьому церква Різдва Богородиці діяла до 1920 року, як парафіяльна. Після Великої Вітчизняної війни на території обителі розміщувалася турбаза.