Кожен конфлікт має свою причину (джерело) виникнення. Причини, що породжують конфлікти, можна розділити на три групи: що виникають в процесі праці, викликані психологічними особливостями людських взаємин, обумовлені особистісними особливостями співробітників організації.
До першої групи належать:
- недостатня узгодженість і суперечливість цілей окремих груп і працівників, обумовлені неясністю постановки мети і завдань кожного підрозділу і працівника, поганою організацією трудового процесу;
- взаємозалежність завдань, де одна людина або група залежать при виконанні завдання від іншої людини або групи;
- втома організаційної структури, нечіткий розподіл прав і обов'язків, що породжує подвійне або потрійне підпорядкування виконавців. В результаті підлеглий вимушений або сам ранжувати надходять накази за ступенем їх важливості, або вимагати цього від свого безпосереднього керівника, або хапатися за все підряд;
- обмеженість ресурсів, а виділення більшої частки ресурсів одним означатиме недоотримання їх іншими членами колективу, що викличе невдоволення і призведе до конфліктів;
- незадовільна комунікаційний зв'язок. Працівники, що не володіють достовірною інформацією, не можуть зрозуміти ситуацію або точку зору інших;
- недостатній рівень професійної підготовки, в результаті такого працівника не довіряють виконання окремих видів робіт, тому одні працівники перевантажені роботою, а інші перевантажені нею;
- несприятливі фізичні умови, такі, як сторонній шум, спека або холод, невдале планування робочого місця;
- невизначеність перспектив зростання, при цьому працівник працює без ентузіазму, а трудовий процес стає для нього обтяжливим і нескінченним.
До другої групи відноситься психологічний феномен людини, що виявляється в почутті образи і заздрості; взаємних симпатіях і антипатіях людей.
Причинами конфлікту можуть бути такі характеристики керівника, як безпринципність, помилкове розуміння ним єдиноначальності як принципу управління, марнославство і чванство, різкість і брутальність у спілкуванні з підлеглими.