Ще одна проблема пов'язана з тією обставиною, що релігія виступає в якості фактора не тільки суспільної інтеграції, а й дезінтеграції. У більш загальній формі можна сказати, що релігія може бути абсолютно дисфункціональна, наприклад, в сфері економіки, перешкоджаючи введенню сучасних методів організації праці, техніки, посилюючи економічний застій суспільства. Тобто функції, виконувані однією і тією ж релігією, можуть мати як позитивний, так і негативне значення для суспільства.
Релігія в рамках теорії конфліктів. Факти, які свідчать, що релігія може діяти як фактор руйнівний, що несе конфлікт, а не інтеграцію і стабільність, розглядаються в рамках теорії конфліктів.
Поряд з міжрелігійними релігія викликає конфлікти, пов'язані з її існуванням в світському суспільстві. Наприклад, нерідкі випадки, коли система релігійних цінностей протиставляється системі світських цінностей як єдино гідна уваги. Релігійна відданість може призводити до конфлікту між проходженням вимогам віри і законам. На приклади такого роду вказують прихильники теорії конфлікту, з тим щоб показати, що релігійна поведінка підпорядковується загальним правилом: будь-яке поведінка керується егоїстичними інтересами.
Слід також мати на увазі ту обставину, що релігійна приналежність може служити засобом згуртування тих чи інших груп способом їх «ідентифікації», наприклад старообрядців в офіційно-православному середовищі, прихильників іудаїзму в християнському оточенні і т.д. тобто в ситуації меншин.
Релігія і політика. Ставлення «релігія і політика» вивчається в різних аспектах. Розглядається питання про релігійне походження держави на ранніх його стадіях. Однак якщо звернутися до документованої історії, то тут вже з часів архаїчної культури релігія і політика представляються двома самостійними сферами. При цьому виникає потреба в легітимації політичної влади, ця функція зосереджується в руках особливого шару релігійних професіоналів - духовенства, яке в певних відносинах може конкурувати з політичною елітою. Однак в більшості державно-організованих товариств, вкрай рідко доходило до реальної загрози політичній еліті з боку релігійної, скажімо, в античній Греції чи Римі - з боку жрецтва. Проте, політичні амбіції духовенства в певних умовах можуть посилюватися, особливо в так званих «релігіях порятунку» цих орієнтацією на лежать за межами сфери дії реальних історичних сил внемірскіе мети - «царство боже». На цій основі може складатися альтернатива «земному граду» і світським властям, яка живить політичні домагання церкви, теократичний ідеал, що ставить духовну владу над світською.