Церква в монастирі Санта-Марія-делле-Граціє була побудована в середньовічному готичному стилі в середині XV століття. Пізніше правитель Флоренції Людовіко Сфорца вирішив перебудувати її в більш сучасному стилі і найняв для цього архітектора Донато Браманте. Браманте спорудив купол в стилі епохи Відродження і додав ряд критих галерей, але ще до закінчення робіт в 1499 році Мілан був захоплений французькою армією. Сфорца потрапив в полон і подальші плани Браманте були втілені в життя. І тепер в церкву сусідять елементи готики і епохи Відродження.
Хоча інтер'єр церкви привабливий, істинним скарбом є фреска "Таємна вечеря", написана на стіні трапезної Леонардо да Вінчі. Коли Леонардо да Вінчі працював над цією фрескою, цікавість спонукало його використовувати незвичайний метод. Замість того, щоб писати її безпосередньо на вкритій вологою штукатуркою стіни, він вирішив працювати масляні фарби по сухій штукатурці. Через це через кілька років фарба на фресці стала обсипатися, і її доводилося неоднакратно реставрувати. Хоча зараз "Таємна вечеря" виглядає відносно цілої, реставраційні роботи над нею практично не припиняються. Деякі експерти вважають, що від оригіналу Леонардо залишилося зовсім не багато.