Баріс передбачає, що минуле можна змінити тільки руйнуванням центру Сингулярності бомбою Е-99. Бомба знаходиться в порту в трюмі затонулого вантажного судна Перлина. На її пошуки отправлятся Ренк. В системі підземних тунелів він відображає напад радіоактивних павуків-секлещей, а потім вперше зустрічається з їх Королевою, схожою на павука завбільшки з будинок. Спроба вибратися закінчилася провалом, люди Демічева захопили вежу Барісова, який разом з Кетрін встиг втекти. Подальший план слід обговорити в диспетчерській вишці. Баріс пропонує проникнути в порт на поїзді. Для початку треба пробратися через закриту зону, полагодив управління краном, а потім проїхати на його платформі під обстрілом ворога. Потрапивши в шахти, Ренк тихо пробирається між сліпими, але не глухими поверненця, колишніми колись людьми.
Знову зустріч з Кетрін, що рухалася іншим маршрутом. Ренко прикривав напарницю з балкона, коли її захопив один із солдатів. Звільнити дівчину вдається тільки коли її вже збираються застрелити після того, як вона відмовилася видати Демічева, де роздобути МВП. Разом вони добираються до поїзда. Використовуючи установку-підсилювач МВП на платформі, Ренк лагодить локомотив і відновлює потяг. На мосту склад зазнає аварії: Королева секлещей ледь не відправляє в прірву разом з поїздом головного героя. Відбувається протистояння на руйнуються вагонах. Переможцем виходить Ренк, якому вдається направити посилений установкою потік енергії на монстра. Наступним потоком був відновлений локомотив, і герої продовжили шлях.