На початку 1980-х в країні почалися відкриті протести проти військової диктатури. Економіка впала в глибоку депресію, причина якої полягала в падінні світових цін на мідь починаючи з 1980, а також в необхідності виплати відсотків за зовнішніми боргами Чилі і великих військових витратах. У 1987 хунта була змушена легалізувати політичні партії.
Спроби цивільного уряду поставити питання про притягнення до відповідальності винних у численних порушеннях прав людини зустріли жорсткий опір з боку військових, проте прогрес спостерігався і в цій області. Створеному при уряді Ейлвіну спеціальному комітету вдалося провести розтин місць масових поховань та офіційно зареєструвати ок. 3000 випадків «зникнення» людей під час правління Піночета. Поява офіційного документа дало можливість батькам, дітям і подружжю жертв військової диктатури пред'явити позови до суду і вимагати виплати відповідних посібників. Крім того, уряд Ейлвіну звільнило ок. 380 політичних в'язнів і сприяло поверненню на батьківщину приблизно 40 тис. Політичних біженців.
Незважаючи на окремі виступи і вуличні демонстрації, організовані в знак протесту армійськими підрозділами, цивільний уряд переглянув ряд положень закону про амністію; крім того, воно зуміло змінити існуючий стан, коли всі злочини, вчинені військовими по відношенню до цивільних осіб, повинні були розглядатися тільки військовими судами. Понад 20 офіцерів армії і поліції відбули і відбувають терміни тюремного ув'язнення за злочини, вчинені в роки військової диктатури.