Це пароніми - однокореневі слова однієї і тієї ж частини мови, схожі за звучанням, але мають різний лексичне значення. Обидва зазначених слова утворені від слова "вода", але мають різні відтінки значень і різний слововживання.
1) складається з води, що містить воду: водяний пил, водяні струмені;
2) рослини і тварини, що живуть у воді: водяний жук, водяний буйвол (до речі, Водяний - як казкова істота, яка живе у воді, теж звідси, але тепер сприймається як самостійне слово);
3) приводиться в дію водою: водяна турбіна, водяне колесо.
У стійко вираженні "водяні знаки" - видимі на світло зображення на грошових купюрах, слово "водяний" вжито в переносному значенні.
Слово "водний" має наступні значення:
1) відноситься до води, пов'язаний з нею: водна перешкода, водна поверхня, водна гладь;
2) пов'язаний з використання води: водний розчин, водний режим, водні процедури.
Іноді з цими прикметниками-паронимами можуть утворюватися синонімічні словосполучення: водний потік - водяний потік, водна струмінь - водяний струмінь, хоча перевага віддається слову "водний".
Ще один паронім з цієї "сім'ї", слово "водянистий" - містить занадто багато вологи, рідкий: водянистий суп. У переносному значенні - розпливчастий, беззмістовний: водянистий погляд.