Вода утворюється з двох газів - водню і кисню. Вона здатна поглинати вільний кисень (який не має з'єднання з воднем при утворенні молекули води Н2О) і інші гази - такі, як вуглекислий газ, азот, двоокис сірки, аміак і хлор. Всі ці речовини впливають на риб. Риби, як і люди, дихають киснем, вилученими ними з води, і видихають вуглекислий газ. Риби деяких видів здатні дихати атмосферним киснем. У природі вони зазвичай живуть у водоймах, де сезонно або постійно відчувається брак кисню (тобто міститься занадто мало розчиненого кисню). Водні рослини (в тому числі водорості), як і наземні, поглинають вуглекислий газ в денний час або коли в акваріумі включений світло. Вони використовують вуглець, що міститься в ньому, для вироблення поживних речовин, а вільний кисень виділяють в воду. При яскравому світлі крихітні бульбашки кисню можна побачити на листках водних рослин. Однак вночі вони поглинають кисень і виділяють вуглекислий газ.
Хвилювання на поверхні води збільшує ефективну площу її поверхні. Поверхня, покрита брижами, має велику площу, ніж рівна поверхня, тим самим збільшується її здатність до газообміну. Циркуляція води також дуже корисна, тому що вона виносить на поверхню воду, багату вуглекислим газом, а воду, щойно насититься киснем, несе в придонний шар. Спільний процес поверхневого руху і циркуляції води акваріумісти називають аерацією. Цей процес може також застосовуватися для виведення з води інших газів - таких, як хлор і азот. Аерацію можна проводити за допомогою системи фільтрації, влаштованої таким чином, щоб забезпечувати максимальну циркуляцію води, а якщо можливо, то і хвилювання на поверхні води. Однак не слід занадто захоплюватися і створювати в акваріумі справжній вир в мініатюрі. Просто фільтраційним устаткуванням має підходити для даного акваріума в сенсі місткості і стійкості. Крім того, воно повинно бути встановлено оптимальним чином. Аерацію можна також здійснювати за допомогою повітряного насоса (микрокомпрессора і розпилювача).
При цьому утворюється потік повітряних бульбашок, також сприяє циркуляції води і утворенню ряби на її поверхні. Всупереч широко поширеним уявленням, бульбашки повітря самі по собі не додають в воду порівняно мало кисню. Користь приносить саме їх вплив на циркуляцію води і поверхневий газообмін. Аерація грає дуже важливу роль в постачанні необхідною кількістю кисню риб, що походять з водойм з високою концентрацією кисню. Крім того, деякі акваріумісти використовують аерацію, щоб в акваріумі можна було тримати більше риб, ніж за умови нормального вмісту кисню. Все це, звичайно, дуже добре, якщо не брати до уваги супутніх проблем - таких, як високий рівень вмісту органічних відходів. Тому подібна система протримається лише до того дня, коли мікрокомпресор вийде з ладу. Акваріумістам, що тримає риб з високою потребою в кисні, необхідно мати під рукою запасний аератор, щоб їх риби раптово не загинули від нестачі кисню.
Що стосується вмісту кисню в воді, то тут так само, як і в багатьох інших аспектах утримання акваріума, найголовніше - це досягти розумного балансу потреб усіх мешканців акваріума.